A la hora de interpretar los resultados de los biomarcadores en enfermedades neurodegenerativas, deben tenerse en cuenta algunas limitaciones. Más allá de las limitaciones propias de las técnicas de laboratorio aplicadas a las diferentes muestras biológicas, existen limitaciones metodológicas del diseño del estudio que pueden generar variabilidad de resultados. Por ejemplo, la rentabilidad será diferente si se comparan pacientes con EP vs. controles sanos, o si se compara contra parkinsonismos atípicos de tipo taupatía, contra otras enfermedades neurodegenerativas como la enfermedad de Alzheimer, etc.

Por otra parte, no debe olvidarse que son técnicas que tienen en común la detección de alfa-sinucleína y que esta proteína también está implicada en la fisiopatología de otros procesos como la atrofia multisistémica y la demencia con cuerpos de Lewy. Esto hace que no todas las técnicas descritas sirvan para diferenciar estos procesos y que en los métodos cuantitativos tengan que utilizarse puntos de corte diferentes. En los últimos años se están desarrollando métodos que quizás permitan en un futuro próximo diferenciar estas entidades con mayor precisión.

Finalmente, resulta de gran importancia metodológica el gold standard utilizado para determinar la rentabilidad de los diferentes biomarcadores. El gold standard ideal sería la confirmación neuropatológica de la EP; no obstante, a menudo no está disponible y en muchas ocasiones se utilizan criterios clínicos para comparar el resultado de los biomarcadores. Esta variabilidad entre estudios también influye en los resultados de los estudios de precisión diagnóstica de los biomarcadores moleculares.